Le château et le fort de Joux verrouillaient l'accès à la ville de Pontarlier. Le château servi également de prison d'État. parmi les prisonniers les plus illustres on peut citer le comte de Mirabeau, libertin et tribun de la Révolution française ainsi que Toussaint Louverture, général et héros de l'indépendance de St Domingue (Haïti).